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Il Museo civico di storia naturale di Milano è stato fondato nel 1838, ed è uno dei più importanti musei naturalistici d'Europa.

Il Museo aprì al pubblico nel 1844 in occasione del VI Congresso degli Scienziati Italiani che quell'anno svolgeva i suoi lavori a Milano.

Scheletro di capodoglio.

Fin dal primo regolamento del 1843 venne stabilito che il Museo impartisse pubbliche lezioni di scienze naturali, questa funzione didattica si rafforzò nel 1863 con l'apertura dei corsi per l'Istituto Tecnico Superiore (poi Politecnico di Milano) e nel 1875 con la partecipazione del Museo al Consorzio degli Istituti di Istruzione Superiore, articolata struttura formativa che diede origine nel 1924 all'Università degli Studi di Milano. Dal 1924 al 1938 ebbe sede in Museo la Facoltà di Scienze Naturali, Matematiche e Fisiche dell'Università Statale che, grazie ad una convenzione tra lo Stato e il Comune di Milano, poteva usufruire dei laboratori, delle collezione, della biblioteca e del personale scientifico del Museo di Storia Naturale per le attività didattiche e di ricerca.

Nel 1943 l'incendio causato da un bombardamento aereo anglo-americano devastò il palazzo e distrusse buona parte delle collezioni. L'ingente lascito in denaro del medico milanese Vittorio Ronchetti permise la ricostruzione del Museo, riaperto al pubblico nel 1952, e la pianificazione di un programma di nuove acquisizioni al fine di ricostituire il patrimonio museale.

Dal 1866 il Museo ospita la Società Italiana di Scienze Naturali, fondata nel 1857 come Società geologica residente in Milano. Il sodalizio scientifico portò nel 1893 alla cointestazione delle riviste scientifiche edite dalla Società e tuttora pubblicate insieme al Museo di Storia Naturale. Attualmente hanno sede presso il Museo di Storia Naturale di Milano anche il Gruppo Mineralogico Lombardo, il Gruppo Botanico Milanese e il Centro Studi Archeologia Africana.