La presenza dei monaci benedettini nel luogo chiamato Casamari è testimoniata a partire dal secolo XI.
La fondazione del monastero è descritta dal Chartarium Casamariense XIII secolo, Secondo il Cartario, nell'anno 1005 alcuni ecclesiastici di Veroli, decisi a riunirsi in un cenobio, scelsero Casamari e riutilizzarono, come era in uso allora, materiale prelevato dai ruderi di un tempio di Marte lì ubicato, per costruire una chiesa in onore dei Santi Giovanni e Paolo. Quattro di essi, sacerdoti, si recarono nel vicino monastero di Sora e ricevettero l'abito religioso dall'abate, il venerabile Giovanni.
Nell'arco di tempo tra il 1140 ed il 1152 ai monaci "neri", benedettini (così chiamati dal colore della loro tonaca), si sostituirono i monaci "bianchi", cistercensi.
Tra la fine del XII secolo e l'inizio del XIII fu iniziata la costruzione del nuovo monastero. Nel 1203, fu benedetta da Innocenzo III la prima pietra della chiesa, costruita secondo i canoni dello stile gotico-cistercense: ancora oggi il chiostro, la sala del capitolo, il refettorio, il dormitorio e tutti gli altri elementi che compongono l'abbazia destano la viva ammirazione del visitatore.
L'abbazia di Casamari è divenuta in questi anni sede di varie attività che ancora oggi vedono impegnati i monaci che, oltre alla partecipazione assidua alla preghiera, curano anche l'insegnamento presso il collegio San Bernardo, interno all'abbazia, la farmacia, la liquoreria, il restauro dei libri, la gestione della biblioteca e del museo archeologico.