Tra il X ed il XIII secolo sorgeva qui un monastero benedettino, con una chiesa dedicata a S. Biagio, che fungeva anche da ospizio per i pellegrini che sbarcavano a Ripa Grande. Vi fu ospitato anche S. Francesco nei suoi soggiorni romani, e questo fu il motivo perché il complesso passasse poi ai francescani per la devozione causata dal ricordo del santo (1229).
La chiesa fu probabilmente ricostruita, conservando gli ambienti in cui soggiornò Francesco. L'aspetto attuale è dovuto alla ricostruzione della parte absidale tra il 1681 ed il 1701.
Dal 1873 al 1943 i locali espropriati del convento ospitarono la caserma dei bersaglieri "La Marmora".
L'interno della chiesa, a tre navate con quattro cappelle per parte, è ricco di memorie e monumenti funebri.
La più importante dal punto di vista artistico è certamente la cappella Paluzzi-Albertoni, costruita da Giacomo Mola (c. 1625), che ospita uno dei maggiori capolavori di Gian Lorenzo Bernini, la statua della Beata Ludovica Albertoni, eseguita tra il 1671 ed il 1675. che ritrae la beata agonizzante travolta dalla passione divina. Dietro la statua fu collocata la Madonna col Bambino e S. Anna di Giovanni Battista Gaulli detto il Baciccia (c. 1675).
Il convento, già espropriato per ospitare la caserma, è ora in restauro e destinato ad organismi del Ministero per i Beni Culturali. Dei tre chiostri uno conserva tracce della sua origine quattrocentesca, pur nelle attuali gravi condizioni di decadenza.

In occasione della conclusione di diversi lotti di restauro eseguiti con finanziamento pubblico e privato la Direzione Regionale per i beni Culturali e Paesaggistici del Lazio promuove una visita alla Chiesa di e alle opere d'erte in essa conservate.